In den Wäldern des Nationalen Naturerbes wird die forstliche Nutzung möglichst schnell eingestellt und eine vom Menschen ungesteuerte Waldentwicklung zugelassen. Das gilt vor allem für Wälder, die schon heute naturnah sind und daher mit der Übertragung sofort der natürlichen Entwicklung überlassen wurden. Ohne weiteren Holzeinschlag wachsen so im Nationalen Naturerbe alte, totholzreiche Naturwälder heran, die mit rissiger Borke, Baumhöhlen und Astabbrüchen vielfältige Lebensräume für Insekten, Fledermäuse, Vögel und Pilze bieten. 

In naturfernen Nadelholzforsten kann es hingegen naturschutzfachlich sinnvoll sein, den Wald über einen bestimmten Zeitraum hinweg behutsam zu verändern. Im Rahmen so eines Waldumbaus können die in der Regel nicht natürlich vorkommenden Nadelbäume sukzessive entnommen werden, um den natürlich vorkommenden Laubbäumen mehr Licht, Platz und Wasser zum Wachsen zu geben. So kann die Entwicklung zu einem naturnahen Wald beschleunigt werden. Findet ein solcher Waldumbau statt, wird streng darauf geachtet, dass bedrohte Arten durch den Holzeinschlag nicht gestört werden und genügend Totholz im Wald verbleibt. Nach einer Phase des ökologischen Waldumbaus werden auch diese Wälder der ungestörten Naturentwicklung übergeben. 

Eine dauerhafte Waldnutzung findet lediglich in kulturhistorisch besonderen Waldlebensräumen statt – denn bestimmte Eichenwälder oder Mittel- und Niederwälder lassen sich nur erhalten, wenn sie regelmäßig naturnah genutzt werden. 

Ausnahmen bilden besondere, historisch bedingte Waldformen wie Hute-, Nieder- und Mittelwälder oder bestimmte Eichenwälder, die nur durch gezielte Nutzungen erhalten werden können. Sie machen einen geringen Anteil der Wälder im Nationalen Naturerbe aus. 

Auch die Jagd muss sich auf den Flächen des Nationalen Naturerbes den Zielen des Naturschutzes anpassen. Für jede größere Fläche wird vom Flächeneigentümer ein Konzept zum Wildtiermanagement entwickelt.