Die Flächen des Nationalen Naturerbes sind im gesamten Bundesgebiet verteilt. Sie reichen von der wilden Küstenlandschaft in Mecklenburg-Vorpommern und der Dünenlandschaft der Insel Sylt über ausgedehnte Wälder und Moore, weite Heidelandschaften und vielgestaltige Auenwälder bis hin zu der strukturreichen Kulturlandschaft aus Streuobstwiesen und Magerrasen in den deutschen Mittelgebirgen. Besonders viele Flächen des Nationalen Naturerbes liegen in den neuen Ländern. Aber auch in unmittelbarer Nachbarschaft von Großstädten wie Berlin, Köln, Hamburg, Nürnberg und München gibt es Flächen des Nationalen Naturerbes.

Viele Flächen des Nationalen Naturerbes wurden bis zur Wiedervereinigung – in Teilen sogar noch bis vor einigen Jahren – intensiv genutzt. Als Manövergelände des Militärs, zur Gewinnung von Braunkohle oder als ganz normale Forst- und Landwirtschaftsflächen. Trotz der in Teilen sehr intensiven Nutzung entstanden hier wichtige Refugien für seltene Tier- und Pflanzenarten. Denn dort, wo das Militär übte, wurde beispielsweise weder gedüngt noch wurden Pestizide verwendet. Ähnlich wie die ehemaligen Braunkohletagebaue haben viele Militärflächen enorme Ausdehnungen, es gibt hier weder Siedlungen noch werden die Gebiete von Straßen durchschnitten. Damit bieten die Flächen des Nationalen Naturerbes optimale Bedingungen, dass sich die Natur auf großen Flächen ohne das Zutun des Menschen nach eigenen Gesetzmäßigkeiten entwickeln kann. Vor allem auf ehemaligen Militärflächen haben sich außerdem (historische) Offenlandschaften erhalten – wie beispielsweise artenreiche Sandmagerrasen und Heiden. Diese gilt es langfristig als Orte hoher Arten- und Lebensraumvielfalt zu erhalten.

Aus dem Koalitionsvertrag der Bundesregierung von CDU/CSU und SPD vom November 2005. Viele wertvolle Naturschutzflächen in Deutschland befanden und befinden sich im Bundeseigentum. Dies ist unter anderem eine Folge der deutschen Wiedervereinigung. Der Bundesrepublik als Rechtsnachfolgerin der DDR fiel gleichsam über Nacht ein umfangreiches Flächeneigentum zu – nicht mehr genutzte Militärliegenschaften, Flächen an der ehemaligen innerdeutschen Grenze und aus dem DDR-Volksvermögen sowie ehemalige Braunkohletagbaue. Aber auch im Westteil Deutschlands wurden viele Manövergelände des Militärs nicht mehr benötigt. Die Bundesregierung hat aufgrund gesetzlicher Vorschriften alle für die Bundesaufgaben nicht mehr notwendigen Flächen zu privatisieren. Da der Naturschutz verfassungsrechtlich keine Bundesaufgabe ist, wurden in den 1990er Jahren viele wertvolle Naturschutzflächen verkauft. Dagegen wurde unter anderem von den Naturschutzorganisationen protestiert und mit wissenschaftlichen Studien der Wert der Flächen belegt. Nicht zuletzt mit der Verabschiedung der Nationalen Biodiversitätsstrategie durch die Bundesregierung im Jahr 2007 bekennt sich der Bund heute zu seiner Mitverantwortung und Vorbildfunktion in Fragen des Naturschutzes. Indem er knapp 164.000 Hektar Fläche als Nationales Naturerbe für Naturschutzzwecke kostenlos überträgt, leistet der Bund einen wichtigen Beitrag zur Erhaltung der Arten- und Lebensraumvielfalt in Deutschland.

Eine Privatisierung von Flächen und die Umsetzung von Naturschutzzielen schließen sich grundsätzlich nicht aus. So haben Naturschutzorganisationen in den vergangenen Jahrzehnten viele Naturschutzflächen käuflich erworben, um sie damit langfristig zu schützen. In der Regel hat ein (privater) Käufer aber ein legitimes wirtschaftliches Interesse, wenn er eine Fläche erwirbt. Er kann beispielsweise so wirtschaften, dass Alt- und Totholzbäume nur in geringen Anteilen vorhanden sind und damit viele Refugien für seltene Tier- und Pflanzenarten verloren gehen. Im Bereich des Offenlandes führt die übliche landwirtschaftliche Nutzung oft zum Verlust von artenreichem Grünland. Soll die Artenvielfalt dort langfristig erhalten werden, muss der Flächeneigentümer meist finanzielle Verluste hinnehmen.

Dem Bund gehören weit mehr Flächen als die insgesamt 156.000 Hektar, die inzwischen als Nationales Naturerbe dem Naturschutz gewidmet sind. Daher war es wichtig, eine sinnvolle Auswahl zu treffen, um die aus Naturschutzsicht wertvollsten Flächen langfristig zu schützen. Zu diesem Zweck hat das Bundesamt für Naturschutz gemeinsam mit den Ländern und den Naturschutzorganisationen einen Kriterienkatalog entwickelt. So wurden diejenigen Bundesflächen ausgewählt, die in bestehenden Schutzgebieten (Nationalparke, Kernzonen von Biosphärenreservaten, Natura-2000-Gebiete, Naturschutzgebiete größer 50 Hektar) liegen, besonders großflächig sind und die dem bundesweiten Biotopverbund dienen bzw. besonders wichtig für den Artenschutz sind. Entscheidendes Kriterium für die tatsächliche Auswahl war, dass die Flächen nicht mehr für andere Bundesaufgaben benötigt wurden. Bundesflächen, die weiterhin vom Militär genutzt werden, können beispielsweise nicht als Flächen des Nationalen Naturerbes benannt werden. Bei der endgültigen Auswahl der Flächen wurden neben den Flächengebern – die Bundesanstalt für Immobilienaufgaben, die Treuhand-Nachfolgegesellschaft BVVG und die Bergbausanierungsgesellschaft LMBV – auch die Länder und die Naturschutzorganisationen mit einbezogen. Die ausgewählten Flächen im Gesamtumfang von rund 156.000 Hektar wurden und werden in drei Tranchen (1. Tranche: 100.000 Hektar, 2. Tranche: 25.000 Hektar, 3. Tranche: 31.000 Hektar) an die neuen Flächeneigentümer übertragen. Die entsprechenden Beschlüsse zur endgültigen Auswahl der Flächen fällte jeweils der Haushaltsausschuss des Deutschen Bundestages.

Für die Flächen des Nationalen Naturerbes – derzeit knapp 164.000 Hektar – verzichtet der Bund als bisheriger Eigentümer auf eine Privatisierung. Die Flächen werden stattdessen unentgeltlich, aber unter strengen Naturschutzauflagen an die Deutsche Bundesstiftung Umwelt (ca. 70.000 Hektar), die Länder (ca. 30.000 Hektar) oder von diesen benannte Naturschutzorganisationen (ca. 26.000 Hektar) übertragen. Etliche Naturerbeflächen verbleiben aber auch dauerhaft im Bundeseigentum (ca. 30.000 Hektar) und werden im Auftrag des Bundesumweltministeriums betreut. Die neuen Eigentümer der Flächen des Nationalen Naturerbes müssen – vertraglich verpflichtet – für alle Folgekosten aufkommen und zugleich den naturschutzfachlichen Wert der Flächen langfristig erhalten.

Die Flächen des Nationalen Naturerbes sollen für nachfolgende Generationen als Orte der biologischen Vielfalt erhalten werden. Hierzu müssen auf den Flächen strenge Naturschutzstandards eingehalten und umgesetzt werden. So ist festgeschrieben, dass in allen Wäldern des Nationalen Naturerbes keine forstliche Nutzung mehr stattfindet. Dort, wo die Wälder bereits naturnah sind, ruht sofort die Säge. In naturfernen Wäldern können in einem befristeten Übergangszeitraum noch naturschonende waldbauliche Maßnahmen zur Erhöhung der Naturnähe umgesetzt werden. Heidelandschaften, Magerrasen und andere Offenland-Ökosysteme sind langfristig durch eine gezielte Pflege zu erhalten. Moore, Gewässer und Auen werden sich selbst überlassen oder werden naturnäher gestaltet. Mittelfristig sollen alle größeren Flächen des Nationalen Naturerbes als Naturschutzgebiete ausgewiesen werden – sofern sie nicht bereits schon jetzt unter Schutz stehen.

Viele Flächen des Nationalen Naturerbes weisen eine außergewöhnlich hohe Arten- und Lebensraumvielfalt auf. Aufgrund der früheren besonderen Nutzung als militärisches Übungsgebiet oder der Lage in Naturschutzgebieten sind viele Naturerbe-Flächen wichtige Refugien für seltene Tier- und Pflanzenarten. Mit ihrer teilweise enormen Ausdehnung sowie dem Fehlen von Siedlungen und Verkehrswegen bieten die Gebiete die Chance, Natur- und Artenschutz großräumig und ohne Konflikte mit konkurrierenden (wirtschaftlichen) Nutzungen umzusetzen. Die Flächen des Nationalen Naturerbes sind einzig der Natur gewidmet. Alle Wälder im Nationalen Naturerbe sollen sich zukünftig vom Menschen so wenig wie möglich beeinflusst entwickeln. Wenn Bäume alt werden dürfen und nicht eingeschlagen werden, sind sie reichhaltiger Lebensraum für speziell angepasste Käfer, Flechten und Pilze. Deshalb strebt die Bundesregierung an, bis zum Jahr 2020 insgesamt 5 Prozent der deutschen Waldfläche bzw. 10 Prozent des Waldes im Eigentum der öffentlichen Hand (Bund, Länder, Kommunen) dauerhaft aus der forstlichen Nutzung zu nehmen. Die Wälder des Nationalen Naturerbes sind hierfür ein wesentlicher Baustein. Große Naturschutzflächen bieten außerdem Lebensraum für Wildkatze, Luchs und Wolf. Mit der unentgeltlichen Übertragung eines beträchtlichen Teils bundeseigenen (Wald-)Flächen für das Nationale Naturerbe hat der Bund dazu einen wesentlichen Beitrag geleitstet. Eine besonders hohe Artenvielfalt an Vögeln, Schmetterlingen und Insekten weisen viele Magerrasen und Heideflächen auf. Diese früher häufigen Lebensräume sind durch die Intensivierung der Landwirtschaft deutschlandweit stark gefährdet. Auf den Flächen des Nationalen Naturerbes sind sie oft noch zu finden. Da auch hier die Ziele des Naturschutzes Vorrang haben, können diese artenreichen Lebensräume durch eine naturnahe Nutzung langfristig erhalten werden.

In den Wäldern des Nationalen Naturerbes findet keine übliche forstwirtschaftliche Nutzung mehr statt. In heute bereits naturnahen Naturerbe-Wäldern wird schon jetzt kein Baum mehr gefällt. In naturfernen Wäldern ist eine übergangsweise Holznutzung erlaubt - allerdings nur im Rahmen eines schrittweisen Waldumbaus, um die Wälder naturnäher zu gestalten. Dabei können beispielsweise für das Gebiet untypische Baumarten entfernt werden, um so dort natürlicherweise vorkommenden Bäumen mehr Raum zum Wachsen zu schaffen. Ist der Waldumbau abgeschlossen, wird auch in diesen Wäldern dauerhaft die Säge ruhen und die Natur sich selbst überlassen bleiben. Wenn also in den Wäldern des Nationalen Naturerbes Holz eingeschlagen wird, dient dies nicht der Erwirtschaftung eines Gewinns, sondern vor allem der Erhöhung der Naturnähe der Wälder. In den Offenlandbereichen des Nationalen Naturerbes ist eine (naturnahe) Nutzung oft die Voraussetzung dafür, den Lebensraum überhaupt zu erhalten. Wird ein Magerrasen oder eine Heide nicht gemäht oder beweidet, wachsen sie mit Gebüschen zu und entwickeln sich langsam zu einem Wald. Auf einigen Flächen des Nationalen Naturerbes ist genau dies das Naturschutzziel. Die meisten Offenlandflächen sollen jedoch langfristig als Wiesen, Magerrasen und Heiden erhalten bleiben. Hierzu bedarf es einer Nutzung. Diese unterscheidet sich jedoch deutlich von der üblichen landwirtschaftlichen Nutzung. So dürfen beispielsweise weder Dünger noch Pestizide ausgebracht werden. Auf Ackerflächen sollen auch Acker-Wildkräuter überleben dürfen. Die entsprechenden Pachtverträge mit den landwirtschaftlichen Unternehmen müssen deshalb möglichst schnell durch die Flächeneigentümer des Nationalen Naturerbes angepasst werden.

Etliche Wälder im Nationalen Naturerbe sind (derzeit noch) wenig naturnahe Nadelholzforste. Sie stammen oft aus der Zeit der militärischen Nutzung und sollten den durch den Militärbetrieb verursachten Lärm und Staub von der Umgebung fernhalten. Diese in der Regel mit Kiefern oder Fichten bepflanzten Pufferflächen wurden bis zum Beschluss zum Nationalen Naturerbe im Jahr 2005 forstlich entsprechend den Vorgaben des Militärs genutzt. Bleiben die Wälder ungenutzt, bilden sich auch hier über einen vermutlich sehr langen Zeitraum hinweg wieder naturnahe Strukturen aus. Die Entwicklung hin zu einem naturnahen Wald kann durch einen zeitlich befristeten und gezielten Waldumbau beschleunigt werden. So können beispielsweise im Umfeld von noch vorhandenen einzeln stehenden Laubbäumen die Nadelbäume entnommen oder durch sehr kleinflächige Kahlschläge („Lochhiebe“) offene Bereiche geschaffen werden. Durch die dann einsetzende Naturverjüngung kann der Wechsel hin zu naturnahen Laubmischwaldbeständen beschleunigt werden. Gleichzeitig kann durch den Holzverkauf ein Teil der anfallenden Kosten für die Betreuung der Flächen des Nationalen Naturerbes finanziert werden. Eine Pflicht zum Waldumbau auf den Naturerbeflächen besteht jedoch nicht.

Wenn auf Flächen des Nationalen Naturerbes Holz im Rahmen des Waldumbaus geerntet wird oder wenn Offenlandflächen an landwirtschaftliche Betriebe verpachtet werden, erzielt der Eigentümer der Naturerbeflächen finanzielle Einnahmen. In den zwischen dem Bund und den Eigentümern der Flächen des Nationalen Naturerbes geschlossenen Verträgen wird klar geregelt, dass alle Einnahmen wieder für die Zwecke des Nationalen Naturerbes eingesetzt werden müssen. Beispielsweise zur Finanzierung von Personen zur Betreuung der Flächen oder für die Umsetzung von Naturschutz- und Renaturierungsmaßnahmen. Wenn die Einnahmen nicht für das Nationale Naturerbe ausgegeben werden können, ist der Flächeneigentümer verpflichtet, das Geld an den Bund zu überweisen. Die Naturschutzorganisationen müssen für die an sie übertragenen Flächen des Nationalen Naturerbes jedes Jahr eine Auflistung der Einnahmen und Ausgaben an den Bund – vertreten durch das Bundesamt für Naturschutz – übermitteln. Damit wird sichergestellt, dass die Einnahmen von Flächen des Nationalen Naturerbes nicht zweckentfremdet werden.

Die Betreuung und Entwicklung der Flächen des Nationalen Naturerbes ist mit zum Teil hohen Kosten verbunden. Selbst die nicht mehr genutzten Wälder des Nationalen Naturerbes erfordern finanzielle Aufwendungen – beispielsweise für die Verkehrssicherung und die Besucherlenkung. Auch Steuern und Abgaben müssen für die nicht mehr wirtschaftlich genutzten Flächen bezahlt werden. Besonders hohe Kosten fallen für die Erhaltung der wertvollen Wiesen, Magerrasen und Heiden an. Die für die Erhaltung dieser Offenlandschaften erforderlichen extensiven Nutzungen (Mahd, Beweidung) müssen in der Regel bezuschusst werden. Hinzu kommen Ausgaben für die Öffentlichkeitsarbeit und die Flächenverwaltung. Bei den im Nationalen Naturerbe übertragenen Militärflächen und den Gebieten an der ehemaligen innerdeutschen Grenze muss der Flächenempfänger außerdem noch das auf der Fläche zum Zeitpunkt der Flächenübertragung arbeitende Personal des Bundesforstes bis zum Renteneintritt finanzieren. Hierfür wird jeweils zwischen Flächenempfänger und der Bundesanstalt für Immobilienaufgaben ein Dienstleistungsvertrag abgeschlossen.

Die Kosten für die Betreuung der Flächen und die Umsetzung von Naturschutzmaßnahmen liegen in der Regel deutlich über den eventuellen Einnahmen aus dem Verkauf von Holz aus dem Waldumbau bzw. den Pachterträgen. Die Empfänger der Flächen des Nationalen Naturerbes haben sich gegenüber dem Bund vertraglich verpflichtet, alle Folgekosten für Betreuung und Naturschutz selbst zu zahlen. Die Deutsche Bundesstiftung Umwelt stellt dafür jährlich mindestens 5 Millionen Euro in den Haushalt ein. Für die vom Bundesumweltministerium betreuten Flächen des Nationalen Naturerbes sind im Bundeshaushalt pro Jahr 4 Millionen Euro eingeplant.

Auf den Flächen des Nationalen Naturerbes kann auch weiterhin gejagt werden. In vielen Fällen ist dies erforderlich, um (Wild)Schäden von den benachbarten Flächen abzuwenden oder das Aufkommen der für das Gebiet typischen Baumarten zu ermöglichen. Allerdings muss sich die Jagd den Naturschutzzielen klar unterordnen. Eine Trophäenjagd ist ausgeschlossen. Für jede größere Fläche des Nationalen Naturerbes wird vom Flächeneigentümer auch ein Konzept zum Wildtiermanagement entwickelt. Auf den Flächen des Nationalen Naturerbes wird ausschließlich bleifrei gejagt.

Das Nationale Naturerbe ist kein neuer Typ eines Schutzgebietes. Es ist vielmehr die Bezeichnung für eine Initiative des Bundes, auf die Privatisierung von für den Naturschutz bedeutsamen Flächen im Bundeseigentum zu verzichten und diese Gebiete in die Hände des Naturschutzes zu geben. Viele der im Nationalen Naturerbe gesicherten Gebiete liegen allerdings zu großen Teilen in Schutzgebieten – beispielsweise in Nationalparken, Biosphärenreservaten, Natura-2000-Gebieten (= europäisches Schutzgebiet) oder in Naturschutzgebieten. Flächen des Nationalen Naturerbes haben also in der Regel einen sehr hohen Naturschutzwert und sind unbedingt schützenswert. Dort, wo die Flächen des Nationalen Naturerbes bisher noch keinen Schutzstatus haben, soll dies nachgeholt werden. Ziel ist es, dass mittelfristig alle größeren Naturerbeflächen als Naturschutzgebiete ausgewiesen werden.

Alle Flächeneigentümer im Nationalen Naturerbe bemühen sich, die Flächen für Interessierte zu öffnen und zugleich sensible Bereiche vor Störungen zu bewahren. Hierzu werden auf vielen Naturerbeflächen Rundwege und Aussichtsplattformen errichtet. Größere Besuchereinrichtungen sind derzeit auf den von der Deutschen Bundesstiftung Umwelt betreuten Naturerbeflächen in Prora (Besucherinformationszentrum mit Baumwipfelpfad) und in der Wahner Heide (vier Besucher-Informationsstellen) zu finden. Auf vielen Flächen des Nationalen Naturerbes bieten die Flächeneigentümer auch geführte Wanderungen und Exkursionen an. Andererseits dürfen viele Teilbereiche des Nationalen Naturerbes aufgrund der Gefahren aus der militärischen oder bergbaulichen Vornutzung aus Sicherheitsgründen nicht betreten werden. Auch zum Schutz seltener Arten kann es notwendig sein, ausgewählte Flächen für Besucher zu sperren – beispielsweise die Sandstrände der Naturerbeflächen an der Ostsee. Entsprechende Sperrschilder sind deshalb unbedingt zu beachten.

Viele Flächen des Nationalen Naturerbes wurden über einen langen Zeitraum hinweg vom Militär oder vom Bergbau genutzt. Noch heute zeugen Munitionsreste und Abraumhalden von dieser Nutzung und stellen eine große Gefahr dar. Aus diesem Grund untersagen die zuständigen Ordnungsbehörden der Länder oder Landkreise das Betreten ausgewählter (Teil)Flächen des Nationalen Naturerbes. Auf den ehemaligen Manövergeländen ist vor allem die Ortung und Beseitigung der noch zahlreich vorhandenen Munitionsreste und Blindgänger aufwendig und kompliziert. Eine vollständige Bereinigung der Flächen ist daher oft nicht bezahlbar. Die Flächeneigentümer beschränken sich deshalb darauf, die Munitionsreste dort zu beseitigen, wo dies für die Pflege notwendig ist oder die entsprechenden Gebiete touristisch genutzt werden. Bei den früheren Tagebauflächen besteht die Gefahr, dass große Teile des Erdreichs in Bewegung geraten und es zu gefährlichen Erdrutschen kommen kann. Es wird deshalb noch sehr lange dauern, bis diese Flächen wieder betreten werden können. Wenn auf Flächen des Nationalen Naturerbes offizielle Wander- und Radwege ausgewiesen sind, lassen sich diese jedoch in jedem Fall gefahrlos betreten.

Die Betreuung der Flächen des Nationalen Naturerbes ist unterschiedlich organisiert. Auf den meisten ehemaligen Militärflächen und auf den Flächen an der früheren innerdeutschen Grenze ist weiterhin der Bundesforst tätig – im Auftrag der (neuen) Flächeneigentümer des Nationalen Naturerbes. Die Bundesförster sind in der Regel die örtlichen Ansprechpartner für Bürgerinnen und Bürger. In Einzelfällen ist auch der Flächeneigentümer selbst der direkte Ansprechpartner. Dies gilt vor allem für Flächen, die an die Länder-Naturschutzstiftungen und an Naturschutzorganisationen übertragen wurden. Für ausgewählte Flächen des Nationalen Naturerbes haben örtliche Naturschutzgruppen auch Patenschaften übernommen – und setzten sich gemeinsam mit dem Flächeneigentümer für die Pflege der Fläche ein bzw. bieten entsprechende Wanderungen und Exkursionen an.